农药残留检测实验室
　　仪器配置：采用GC-ECD，GC-FPD、GC-NPD、GC-MS、HPLC-UV、HPLC-FLD、LC-MS等。
　　兽药、渔药残留检测实验室
　　仪器配置：CE、TLC、ELISA、UV、GC-ECD、HPLC-UV/FID、GC-MS、HPLC-MS等
　　重金属元素检测实验室
　　仪器配置：AAS、AFS、ICP、ICP-MS、LC-AFS等。
　　食品添加剂和非法添加物检测实验室
　　仪器配置：主要以高分辨的GC-MS、HPLC-MS为主。
　　致病菌检验和微生物鉴定实验室
　　仪器配置：ELISA、BAX系统、RP系统、SPR以及生物芯片等。
　　生物毒素检测实验室
　　仪器配置：采用GC、GC-MS、HPLC、LC-MS等。
　　转基因农产品检测实验室
　　仪器配置：CE、酶标仪、定量PCR仪等。
　　食品品质和营养成份检测实验室
　　化学分析实验室配置：标准分析化学要求的化学分析实验室。
　　仪器分析实验室仪器配置：蛋白质测定仪、脂肪测定仪、纤维素测定仪、LC、AAS、NIR、旋光仪、食品品质快速分析仪、氨基酸分析仪等。
　　样品前处理实验室
　　仪器配置：固体萃取仪、微波消解萃取仪、加压快速溶剂萃取仪以及常规附属仪器设备。