氧化锆色谱柱因其具有的惰性和稳定性而在液相色谱仪分析中应用较为广泛。氧化锆色谱柱有多达8种不同化学性能填料，包括反相和高性能离子交换。相较于硅胶色谱柱，氧化锆色谱柱的PH范围为0-14，比硅胶柱子的pH耐受性更好，所以涂上氧化锆的色谱柱能够耐受更高的pH和操作温度；此外，因为没有硅烷醇的作用，在对药物胺类分析时有独特的选择性，且没有拖尾现象。
反相柱子会因为重复注入含有强保留物质特别是分子量大的或疏水的样品而被污染，生物流体成分如蛋白质和强碱性物质可以吸附在硅胶介质上。另外，某些流动相添加剂如离子对试剂和表面活性剂能吸附在装填表面而改变他们的性质。被污染的柱子会导致峰形差，保留行为重复性差，高反压，和基线漂移等现象而影响检测结果的准确性。通常，用有机溶剂或者是能够破坏污染物与键合相或硅胶表面的试剂能够清洁这些柱子，但是针对不同的检测样品，再生效果也就有所不同了。
选择清洗氧化锆色谱柱方法之前，须了解检测样品性质。例如：氟化物和磷酸根离子都在氧化锆柱子上有强吸附，熟悉这些物质，就应该用20%乙晴－0.1M氢氧化钠或0.1M四甲基氢氧化铵混合物冲洗50个柱体积，10体积水，50体积20%乙晴－0.1M硝酸混合物，10体积水，zui后是20体积100％有机溶剂；对于聚丁乙烯和聚苯乙烯柱子，可以用甲醇、乙晴、异丙醇、或四氢呋喃；而对于游离碳柱子至少要用20%四氢呋喃。
    除此之外，在使用某些有腐蚀性或对键合相有破坏作用的试剂时要注意。zui重要的是，在待测样品进入液相色谱仪分析之前，必须使用氮吹仪、溶剂过滤器、固相萃取等装置对样品进行处理，尽量减少色谱柱与外界物质的接触从而减少污染。在操作过程中，应当使用保护柱来避免对分析柱的污染。