离子交换树脂在运行的过程中，如果发现颜色变深、树脂交换容量不断地下降、清洗水不断的增加、出水水质变差、周期性制水量不断下降等现象，可以认为树脂受到污染。污染的原因主要有：
（1）有机物引起的污染
    有机物质在水中往往带有负电，成为污染阴离子交换树脂的主要物质。有机物主要是存在于天然水中的腐殖酸、胶团性的有机杂质、相对分子质量从500到5000的高分子化合物以及多元有机羧酸等，这些物质吸附在树脂上，有的占据或者结合了树脂的活性基因，有的使树脂的强碱活性基因碱性降低而降解，使树脂离子交换能力降低。这类污染从COD的监测中可以检出。
（2）油脂引起的污染
    水中往往含有油类物质，形成膜状物，堵塞或包裹了树脂的微孔，阻碍树脂微孔中的活性基团进行离子交换。
（3）悬浮物引起的污染
    水中的悬浮物质，紧裹着树脂表面的液膜层，从而隔绝了树脂的离子交换过程，使树脂受到污染。这种污染以阳离子交换树脂为多。
（4）胶体物质引起的污染
    水中胶体颗粒常带负离子，使阴离子交换树脂受到污染。胶体物质中以胶体硅对树脂的危害很大，它吸附并在树脂的表面上聚合，阻止树脂进行离子交换。
（5）高价金属离子引起的污染
    原水中的金属离子（如混凝剂中高价金属离子的后移等），如Al3+、Fe3+等扩散进入阳离子交换树脂的内部，由于这些金属离子的交换势能高，与树脂中的固定离子—SO3-牢固结合形成Al(SO3)3、Fe(SO3)3等，从而使这部分的固定离子失去作用，丧失了离子交换能力。
（6）再生剂不纯引起的污染
    离子交换树脂的再生剂不纯往往混有许多杂质，尤其是苛性钠（NaOH）中的杂质甚多，如Fe3+、NaCl、Na2CO3等，对阴离子交换树脂的污染较为严重。
    此外，细菌、藻类以及水中含氮、氨基酸之类物质等也会不同程度地使树脂受到污染。