任何合格和高质量的有机肥料的生产都必须经过堆肥和发酵过程。 堆肥过程是在一定条件下通过微生物的作用不断降解和稳定有机物的过程，生产适合土地使用的产品。堆肥是一种古老而简单的处理有机废物和制造肥料的方法。随着研究的深入和方法的改进，其应用具有良好的生态意义，对农业生产也具有重要的意义，受到各国的高度评价。 

有许多报道表明，使用分解堆肥制备苗床可以抑制土壤传播的疾病。以及高温后产生的拮抗细菌堆肥过程中的阶段可以使细菌数量达到较高水平；堆肥过程中的有机物在微生物的作用下难以分解，稳定并易于被农作物吸收。同时，微生物在的作用下将重金属的毒性降低到一定范围内。  可以看出，堆肥是一种简单有效的方法，可以使生物有机肥料，这有利于生态农业的发展。    

我国大多数国内有机肥料产品只能堆肥15-20天，并且此类产品只能达到无害标准。 高质量的有机肥料堆肥发酵过程通常需要45-60天。 这是因为在堆肥前的升温阶段和高温阶段，诸如植物病原菌，卵，杂草种子等有害微生物将被杀死。然而，微生物在该过程中的主要作用是新陈代谢和繁殖，并且仅产生少量。 代谢物，这些代谢物是不稳定的，不易被植物吸收。    

#在冷却的后期，微生物会腐殖化有机物并产生大量有利于植物生长和吸收的代谢产物。此过程需要45-60天。 堆肥通过这个过程可以达到三个目的，一是无害。另一个是腐化作用；第三是大量的微生物代谢产物，例如各种抗生素和蛋白质物质。