气相色谱质谱联用仪是一种质谱仪，应用于医学、物理学，气相色谱的流动相为惰性气体，以表面积大且具有一定活性的吸附剂作为固定相。
当多组分的混合样品进入色谱柱后，由于吸附剂对每个组分的吸附力不同，经过一定时间后，各组分在色谱柱中的运行速度也就不同。吸附力弱的组分容易被解吸下来，离开色谱柱进入检测器，而吸附力的组分不容易被解吸下来，因此离开色谱柱。
如此，各组分得以在色谱柱中彼此分离，顺序进入检测器中被检测、记录下来。
气相色谱质谱联用仪的特性：
一般应用可省略色谱检测器：作为进样系统，将待测样品分离后直接导入质谱进行检测，既满足了质谱分析对样品单一性的要求，又省去样品制备、转移的繁琐过程，不仅避免了样品受污染，对质谱进样量还能有效控制，也减少了质谱仪的污染，极大地提高了对混合物分离、定性定量效率。
定性能力高：用色谱保留时间结合化合物的指纹质谱图鉴定组分，大大优于仅靠色谱保留时间。定性指标有分子离子、功能团离子、离子峰强度比、同位素离子峰、离子反应的母子离子质量数以及总离子流色谱峰、选择离子色谱峰和选择反应色谱峰所对应的保留时间窗。
可分离尚未分离的色谱峰：用提取离子、选择离子监测或选择反应监测法，以及结合某些数据处理方法，可分离总离子流色谱图上尚未分离或被化学噪声掩盖的色谱峰。
可提高定量分析精度：通过用同位素稀释和内标技术可提高定量精度和定性能力。
提高仪器功能，实现分析自动化：计算机的多功能使仪器的结构更简单，操作更方便，更易于实现分析工作的自动化。
气相色谱质谱联用仪定性分析很方便，可通过自带数据库的相似度检索快速定性分析，还有多种采集模式，灵敏度高，能够定量准确。
