微波化学反应器的加热是将微波作为一种加热方式，当微波与物质分子相互作用时，产生分子极化、取向、摩擦、碰撞，吸收微波能而产生热效应，这种加热方法被称为微波加热，当微波化学反应器在实验室内做萃取反应时，也称为微波萃取反应器和微波萃取仪，微波加热是极性物质分子吸收微波后自身发热，是从分子内部由内向外进行，由于分子级的加热，可以使物质内外同步加热。不同的物质吸收微波的能力不同，其加热的效果各不相同，这主要取决于物质的介质损耗。微波化学反应器适用于快速、、靶向合成化工单体及目标混合物，适用领域涉及中草药物有效成分的萃取，有机无机化合物、药物中间体以及纳米材料的合成，能源燃料及其新能源产品的开发，处理过程具有化学选择性高、萃取效率高、有效成分损失率低、产物结晶度高等特点，并且在无机高分子聚合以及金属纳米材料制备过程中，实现了均匀化定径合成，而且可以有效克服有机物参与下的副反应及其链反应等非目标反应等。