分子蒸馏不同于一般的蒸馏技术。分子蒸馏是运用不同物质分子运动平均自由程的差别而实现物质的分离，因而能够实现在远离沸点下操作。

  根据分子运动理论，液体混合物的分子受热后运动会加剧,当接受到足够能量时,就会从液面逸出而成为气相分子，随着液面上方气相分子的增加,有一部分气体就会返回液体,在外界条件保持恒定情况下，就会达到分子运动的动态平衡。从宏观上看达到了平衡。液体混合物为达到分离的目的,首行加热,能童足够的分子逸出液面,轻分子的平均自由程大,重分子平均自由程小,若在离液面小于轻分子的平均自由程而大于重分子平均自由程处设置--冷凝面,使得轻分子不断被泠凝,从而破坏了轻分子的动平衡而使混合液中的轻分子不断逸出,而重分子因达不到冷凝面很快趋于动态平衡,不再从混合液中逸出，这样液体混合物便达到了分离的目的。