首先，我国还没有有机肥产品的国家标准，只有行业标准。有机肥生产不需行政许可，生产门槛低，生产方式五花八门，目前小作坊较多，生产设备简陋，产品质量难以保证。
其次，一些厂家片面追求外观，不重视内在品质。目前农民在市场上选用有机肥时大多凭颗粒外观和包装的感性认识来判断有机肥产品品质好坏，认为颗粒外观乌黑发亮、光滑均匀的就是好产品。商品有机肥由于原料的多样性，不同原料做成的有机肥在外观上有一定差距，其内在品质也有较大差异。
第三，企业生产忽视发酵过程。国内有机肥的商品化、规模化及规范化发展刚刚起步，一些生产线未进行严格的高温发酵，导致有机肥产品难以达到无害化要求。
第四，纯有机肥养分含量低，施用后不如化肥肥效快，推广普及遭遇瓶颈，所以做有机无机复混肥之更好的选择，
第五，有机肥包装标识混乱。个别企业标上有机质、腐殖酸、氨基酸、动物蛋白、维生素等含量，并加起来算作养分总含量误导消费者。
第六，运输成本高，有机肥通过铁路运输不享受化肥优惠运价，运输成本比较高，使商品有机肥的市场零售价比原料价格高许多。
第七，有机肥生产过程中造粒效率低下，特别是那些有机质含量高的有机肥，有50%以上都要返回造粒，大大降低了生产效率，增加了生产成本。