新风系统在开关运行时，是需要关闭窗户的，以保证在密封的环境下运行新风系统。新风系统最主要的功能就是通风换气、置换新风，所以在不开窗的情况下，它也能够随时充满富氧量的新鲜洁净空气。所以，在开了新风系统后，是需要关窗户的。
大家都习惯了直接开窗通风，感觉这种方式是省力的置换空气的方式，但是，一旦开窗，肯定会流失掉一部分的冷热量。冬季会导致供暖效果下降，夏季也会导致室内制冷效果下降，费用上升。而新风系统的出现，打破了这一局面，可以在紧闭门窗的情况下，置换新风，在室内外空气交换的瞬间，在全热交换器中，互换彼此之间的冷热量，保持室内温湿度的恒定。
室外空气环境质量日益严峻，雾霾、粉尘、杨柳絮重重干扰。在这种大环境下，开窗通风比较糟糕。但如果不开窗，室内污染状况更是堪忧，会存在甲醛、异味、病菌、二手烟、二氧化碳等有害气体。
开了新风系统，如果窗户不关闭，外面的脏空气会进入室内，会污染新风管道，造成新风系统出现二次污染的情况。新风系统需要在紧闭门窗的情况下，置换新风，让室内充满富氧量的新鲜洁净空气。
