蛋白层析柱是凝胶层析技术中的主体，一般用玻璃管或有机玻璃管。层析柱的直径大小不影响分离度，样品用量大，可加大柱的直径，一般制备用凝胶柱，直径大于2厘米，但在加样时应将样品均匀分布于凝胶柱床面上。此外，直径加大，洗脱液体体积增大，样品稀释度大。分离度取决于柱高，为分离不同组分，凝胶柱床必须有适宜的高度，分离度与柱高的平方根相关，但由于软凝胶柱过高挤压变形阻塞，一般不超过1米。
蛋白层析柱的工作原理
1.预处理：在吸附树脂的生产过程中，一般采用的是工业级原料，产品没有经过进一步纯化处理，树脂内部残留少量单体，所以在使用之前，需用水溶性溶剂对其浸泡处理，然后用去离子水通过树脂层，置换出水溶性溶剂离子方可投入使用。
2.逆流洗柱：用水洗出去水离子及破碎填料，树脂装入后，用蒸馏水反洗树脂层，直至出水清晰、无气味、无细碎树脂为止。再依次用酸碱等浸泡、冲洗树脂层，至出水呈中性为止。
3.水洗：水洗的主要目的是除去层析柱上所附着的渣滓。
4.吸附：吸附操作自上而下(或自下而上)通液，可采用不同流速，以选取*条件。流出液每隔一段时间取样检测，达泄漏点停止吸附，或多柱串联达饱和后解吸。吸附主要是吸取料液中的渣滓或要回收物，该过程应控制料液的速度及吸附量，大孔树脂应*浸泡在料液里，以提高吸附效果和运行稳定性。
5.解吸、再生：解吸操作自上而下(或自下而上)通解吸剂，单柱吸附时，解吸与吸附操作对流为佳。解吸剂沸点要低以便回收处理。
