无菌灌装间属于生物净化工程的一种，是空气悬浮粒子浓度受控的车间，它的建造和使用应减少室内诱入、产生及滞留粒子；室内其他有关参数如温度、湿度、压力等要求进行控制。
无菌灌装间是在一定空间范围内，将空气中的微粒子、有害空气、细菌等污染物排除，并将室内温度、洁净度、压力、气流速度与气流分布、噪音振动及照明、静电控制在某一需求范围内的工程学科。净化工程所特别设计的房间，不论外在空气条件如何变化，室内均具有维持原先所设定要求之洁净度、温湿度及压力等性能。
进口处设置洗手池、给皂器，操作人员洗手、换鞋、洗脚后进入缓冲间，然后通过风淋室进入千级净化操作间。从取风口吸取的新风经加除湿系统、初效过滤、中效过滤，并经管道式空调制冷，臭氧杀菌后达到除湿降温杀菌；然后经高效送风口送达净化间，保证灌装区间的空气洁净度。无菌间及缓冲间的地面设环氧自流平地坪。(空间消毒采用紫外线消毒和臭氧消毒相结合的方式)。
一般无菌室要求的洁净度为万级，标准的微生物检测实验室都会专门开辟5~8个平方出来建造无菌室，无菌灌装间只要够放置实验室样品及必需的设备即可，面积无需过大而造成浪费，面积过大对于做无菌室空气净化工程来说不仅仅是提高建造成本而已，日后的运行及维护费用也会高的令人惊讶。一般微生物检测按照实验室行业要求都需要在无菌室中进行，很多食品菌、微生物等都是在*净工作台中完成检测和化验的。
随着社会科技发展，国家越来越重视食品安全问题，无菌室空气净化工程也在不断的普及。有了无菌室净化工程，将洁净工作台放置于无菌室内操作，让实验环境更加洁净，实验样品不易于被污染。
