煤炭在燃烧后，煤炭中的有机硫几乎都转化为SO2而随烟气排入大气。以我国动力用煤的含硫量来估算，1998年由于燃烧煤而排入大气的SO2近20O0万吨，严重地污染大气及环境。例如，有些燃用高硫煤的城市(如贵阳、重庆、苏州、南昌)经常下酸雨，其pH值有时低至3左右。
另外，煤炭中黄铁矿在燃烧时几乎全部转化为SO2并随之排入大气：
4FeS2+11O2-2Fe2O3+8SO2↑
那些含碳酸钙矿物较多的高硫煤，在燃烧时，Cac⒐分解为Cα和CaO，CaO和SO2在空气下形成CaSO4：
CaO+SO2+1/2 O2→CaSO4
因为纯CasO4的分解温度较高(在1300℃以上)，所以，通常情况下，煤燃烧后其CaSO4大部可残留在煤灰中。煤中的单质硫在燃烧时，全部转化为SO2。煤中的硫酸盐矿物如石膏在较低燃烧温度下不分解，但将失去全部结晶水。绿矾则在燃煤时释放出SO2、SO3：
2FeSO4→Fe2O3+S02+S03
煤炭中的硫主要为无机硫和有机硫，两者在煤的洗选过程中的动态不同。通常有机硫在煤中分布均匀，不易洗脱，以致洗选后的精煤的有机硫含量因有机质比较的增大而增高。在洗矸中，因有机质比例小而有机硫含量一般都较少。洗中煤的无机硫和有机硫则介乎精煤和洗矸之间。无机硫中的黄铁矿由于其密度大(5.0左右)，因此在洗选煤的过程中较易与煤分离而大多沉积在洗选中;也有一部分沉积在中煤中。在精煤中黄铁矿则很少。通常在高硫洗选中，硫铁矿硫的含量高达5~15%以上。因此，常可以从这类洗矸中收回黄铁矿而作为黄铁矿资源。这样，不仅可增加煤矿的经济效益，而且可减少洗选对环境的污染，同时还可回收一部分发热量在8.36~10.45MJ/kg(2000~2500kcal/kg)的沸腾炉用煤。
