巴氏杀菌机杀菌属于低温灭菌，较大限度地保证了食品的营养成份与原有的口感风味，深爱消费者的青睐。巴氏杀菌机杀菌加热有两种形式，一是电加热，二蒸汽加热。因为巴氏灭菌法是低温杀菌。这里所说的低温只是相对高温高压杀菌锅来言。是指低于100摄氏度的杀菌方式。
巴氏杀菌是利用低于100摄氏度的热力杀灭微生物的消毒方法，由德国微生物学家巴斯德于1863年发明，至今国内外仍广泛应用于牛奶、人乳及婴儿合成食物的消毒。
新鲜原奶中的生物活性物质十分怕热，如果用摄氏100度的消毒方法，则原奶中的生物活性物质将被破坏，而且原奶中的维生素、蛋白质等也有损失。
现用的巴氏杀菌方法一般有两种：一是加热到61.1～65.6摄氏度之间，30分钟；二是加热到71.7摄氏度，至少保持15秒钟。
时间过长可以杀死更多细菌，但是在巴氏杀菌的条件下已经足够把其中的有害病原菌杀死了，因此没有必要延长杀菌时间，另外杀菌时间过长会造成牛奶或食物中的营养成分被破坏，这在销售上是不利的。特别在奶制品中，时间过长会造成蛋白质变性，对人体有利因子损失，后会得不偿失的；在工厂的大规模生产中时间过长更会增加能耗，使成本提减少。
巴氏杀菌机是目前广泛应用于食品领域的消毒设备，但是应用巴氏消毒法，不应时间过长，过长会造成营养物质的损失，得不偿失，还会提高生产成本，因此要严格控制巴氏消毒的时间，以便取得较好的杀菌效果和大化的经济效益，让产品具有更大的竞争力。
