荧光显微镜的物镜上方过滤器立方体炮塔，再加上一个相机。光镜下主要中心最近的事态发展在上升荧光显微镜进入生物。在第二十世纪的最后十年，特别在后—基因组时代，许多技术荧光染色属于蜂窝结构开发。技术组主要涉及靶向化学特定的细胞结构，染色为例，化学化合物DAPI标签DNA，共轭荧光记者使用的抗体，看免疫荧光，和荧光蛋白，如绿色荧光蛋白。这些技术的使用这些不同的荧光基团的细胞结构分析在现场和固定的样品分子水平。
荧光显微镜的崛起开了一个重要的现代显微镜的设计发展的共聚焦显微镜。1957年被授予权的原则明斯基，虽然激光科技有限公司的技术在实践中的应用。直到1978时托马斯和克里斯托夫克里默开发了个实用的激光扫描共聚焦显微镜和技术迅速得到普及，在上世纪80年代。