氧气
水稻秧苗在组培培养室里生长着，需要大量氧气，因为在秧田淹水的条件下(氧的浓度为0．2％)秧苗生长瘦弱。
据研究，种子在缺氧的情况下萌发生长，种子内贮藏物质的能力转化率和贮藏物质用于器官建成的效率，都明显地低于氧气充足条件下萌发生长的种子。水稻苗3叶期以后，根部才形成通气组织，通过叶片可以从地上部获取氧气，因此，秧苗对土壤中缺氧环境的适应力逐渐增强。
光照
光照是秧苗健壮生长的重要条件之一。光照不足，细胞伸长大于分裂，纤维素含量少，秧苗软弱，抗逆性差。自然光照，目前我们还无法控制，常通过调整秧田播种量来满足秧苗对光照的要求。秧田稀播保持较好的光照条件下，是培育壮秧的重要环节之一。
土壤
水稻是喜酸耐酸作物，特别在旱育秧条件下，一定的酸度虽能够控制土壤病原苗的活动，但也影响某些营养元素的存在形态，从而影响水稻秧苗的生长和抗逆能力。
据试验，在北方稻区钙质土条件下，床土PH值为4．1的秧苗株高和百株干重。pH值为4．1~5．3有利于秧苗长根。综合地上部与根生长情况以及钙质土壤pH值回升趋势，早期或寒地育秧，床土pH值必须调低些，据试验结果，pH值为4．1~5．3合适。
