植物的根系是植物的根本，因此一旦根受到伤害，就很有可能导致植物死亡，因此植物根系的分析在现代植物生理研究中变得越来越重要，而植物根系分析系统就是专用于植物根系分析的系统工具。
在植物根系分析系统的使用中，为了提高测定数据的准确性，需要注意以下几个事项：
1、图像的清晰程度直接影响测量结果的精度，由于是人眼识别图象中的所有根，根毛扫描的是否清晰，根毛能否参加计算。
2、由于图象中的所有根是人手动选择的，这样鼠标的起始和结束可能会带来的误差，这也会影响测量精度。
3、根管的预埋位置和时间也是对测量结果有影响的，埋设位置决定了要具体研究哪个根，所有根是否恰好在根管周围；埋设时间是根管周围根的长势如何，是否能扫描到一幅清晰的图象，直接影响测量结果。
4、根据扫描器在根管中的平衡特性，在正常使用中，使根管与地表面垂直埋设。可能在仪器的初始时候还不是非常明显，如果仪器是用了很久的，机械部件受力已经不平衡，则我们会发现扫描出的图象部分会发生失真，这时会给我们的测量造成误差
