膜清洗频率与预处理措施的完善程度是紧密相关的。预处理越完善，清洗间隔越长;反之，预处理越简单，清洗频率越高。一般膜清洗是遵循“10%法则"—— 当校正过的淡水流量与 初200h运行（压紧发生之后）的流量相比，降低了10%和（或）观察到压差上升了10%～20%就需进行清洗。尽可能在脱盐率下降显示出来以前采取措施。正规安排的保护性维护清洗不足以保护反渗透系统，譬如，由于预处理设备运行不正常，进水条件在短时间内就会发生变化。

  反冲洗对于防止大颗粒对某些型式反渗透膜件的堵塞是有效的。但不是所有的污染都可能通过简单的反冲洗就能清除掉，还需要有周期洗化学清洗。化学清洗除需增加药剂和人工费用外，还有污染问题，所以也不可过于频繁，每月不应超过1～2次，每次清洗时间约1～2h。

  化学清洗系统通常包括一台化学混合箱和与值相配的计量泵、混合器、加热器等。化学清洗常是根据运行经验来决定（可以根据每列设备压降读数与运行时间的关系曲线，或是依据产水量、淡水水质和膜的压降等）。

  化学清洗所用的药剂和方法，需根据污染源来决定。下表可供参考，但更应重视积累和应用本单位的经验。为了保证效果，在化学清洗前要进行冲洗。冲洗前先降压，再用2～3倍正常流速的进水冲洗膜，靠流体的搅动作用将污物从膜面剥离并冲走。然后针对污染特征，选择清洗液对膜进行化学清洗。为了保护反渗透膜件，液温不超过35℃.

  系统若停用5天以上，做好用甲醛冲洗后再投用。如果系统停用两周或更长一些时间，需要0.25%甲醛浸泡，以防微生物在膜中生长。化学药剂 后每周更换一次。