无菌室也称接种室，是一个可在此范围或区间内进行开放式接种操作的相对洁净无菌的房间。根据控制无菌室中杂菌方法的不同，无菌室又可分为物理机械灭菌无菌室和化学灭菌无菌室。

1、物理机械灭菌无菌室

用高效过滤的方法进行空气过滤，把室内悬浮的尘埃粒子和生物粒子过滤去除，以达到无菌的区间，也称洁净室，其核心部分是高效过滤器。此种无菌室安全、有效，在操作过程中，只要空气不断被过滤，就可长时 间保持无菌状态。但该种无菌室造价高，一次性投资大，一般栽培户是难以承受的，并且我国目前大都是利用自然气候进行香菇生产，并不需要常年使用无菌室，因此，此种无菌室在香菇生产中极少使用。

2、化学灭菌无菌室

化学灭菌无菌室是指采用化学灭菌剂对一个相对密封的房间进行消毒灭菌，使该房间在一定时间内达到相对无菌状态，其大小可根据生产规模和实 际生产应用的房间而定。为了方便操作，无菌室一般设在冷却室的边上，使需要接种物在冷却后可直接进入无菌室。目前生产上应用的蚊帐式接种棚是化学灭菌无菌室的特 例，其搭建更为方便，投资更省并不受场地限制，密封性好，在代料香菇生产料棒接种时作为无菌室使用，在浙江省松阳、庆元、缙云等县生产应用较为普遍。无菌室的消毒有紫外线灭菌灯照射和化学杀菌剂如甲醛、气雾消毒盒进行熏蒸两种方法。