酶标仪实际上就是一台变相的专用光电比色计或分光光度计，其基本工作原理与主要结构和光电比色计基本相同。光源灯发出的光波经过滤光片或单色器变成一束单色光，进入塑料微孔极中的待测标本。该单色光一部分被标本吸收，另一部分则透过标本照射到光电检测器上，光电检测器将这一待测标本不同而强弱不同的光信号转换成相应的电信号。
酶标仪采用大屏幕视窗触摸屏操作方式与传统的按键式的操作方式相比具有更加灵活便捷的操作性，尤其体现在日常检测程序的输入和检测方法的选择上，可有效地减少按键式繁琐地操作带来的人为误差。
酶标仪采用中文输入，与传统的英文字符输入方式相比，中文输入的方式具有的优势，在日常输入检测程序和试剂名称时，可以不再使用英文字母代替了，取而代之的是更加直观的中文输入及中文显示，仪器操作者在编辑程序和调用程序时可以一目了然。酶标仪波长滤光片可以很大程度的满足动物疫病检测和食品安全方面的农残、兽残及真菌毒素项目检测的要求，如三聚氰胺、AFTB1、AFTM1、瘦肉精等。
酶标仪标准配置是内置嵌入式打印机，与外置打印机相比，无需额外给打印机提供空间位置和电源，且内置打印机的耗材及维护成本要比外置打印机的要低。该机也预留了外置打印机接口，如果有需要的话，也可以选配外置打印机。酶标仪预留鼠标和键盘接口，如有必要的话，可以选配鼠标和键盘，以此来丰富设备的操作方式，会自动对酶标孔进行中心定位，中心定位是要消除酶标孔底的凸凹引起的厚薄不均带来检测的不准确。在对每一个酶标仪进行检测时，仪器其实要进行35个点的测量，选取中间的5个点的均值为本孔的OD值。
酶标仪参照通道是用来校准由于电压不稳或灯泡磨损带来的影响，用于ELISA试剂的测定，广泛用于各种实验室，包括临床实验室，质量控制是试剂检测的重要因素，请按照试剂说明书的要求进行质量控制。有一些试剂盒的说阴书将空白孔设置为空气，其它大多数空白孔的设置是用试剂来设置的，请按照试剂盒的说明书要求进行。
由于有相当多的因素会影响检测的结果，如不同的酶标板，检测试剂的体积，都会造成OD值的不同，因此，只有使用同一酶标板反应的试剂检测结果才能比较和分析。对结果的临床解释请依照试剂盒的说明书进行。酶标仪是一种精密的光学仪表，因此良好的运作环境不仅能确保其准确性和稳定性，还能够延长其使用寿命，仪表应放置在低于40分贝的环境下。为延缓光学部件的老化，酶标仪应避免阳光直射，操控电压应维持稳定，操控环境空气清洁，避免水汽，烟尘，维持干燥、干净、水平的运作台面，酶标仪以及足够的操控空间。
