由于超低温冻干机中蒸发器和冷凝器在长时间工作下会产生大量灰尘，导致冷气与热量的散发受到一定影响，使其程序制冷或制热效果减弱的现象，并消耗大量的电能和时间。当启动时，它内部的细菌会被吹到室内，对人体造成一定的伤害，尤其在夏季这种细菌滋生比较多的时候，如果不及时清理，会吸附大量灰尘、以及螨虫、花粉、虱子和霉菌。
对于一款应用设备关键的内部清洗方法来说，首先务必要统一引起每位作业运营商的注意，进而来有效保证该款设备的良好运用性，因为相较于表面清洗方法来说，往往关键的内部清洗则是十分重要的。
超低温冻干机内部潮显高温的压缩空气流入前置冷却器散热后流入热交换器与从蒸发器排出来的冷空气进行热交换，使进入蒸发器的压缩空气的温度降低。换热后的压缩空气流入蒸发器通过蒸发器的换热功能与制冷剂热交换，压缩空气中的热量被制冷剂带走，压缩空气迅速冷却，潮显空气中的水份达到饱和温度迅速冷凝，冷凝后的水份经凝聚后形成水滴，经过气水分离器高速旋转，水分因离心力的作用与空气分离，分离后水从自动排水阀处排出。经降温后的空气压力露点可达2℃。
降温后的冷空气流经空气热交换与入口的高温潮显热空气进行热交换，经热交换的冷空气因吸收了入口空气的热量提升了温度，同时压缩空气还经过冷冻系统的二次冷凝器与高温的冷媒再次热交换使出口的温度得到充分的加热，确保出口空气管路不结露。同时充分利用了出口空气的冷源，保证了几台冷冻系统的冷凝效果，确保了机台出口空气的质量。