非极性色谱柱按照极性分类，主要是非极性、弱极性、中等极性和强极性色谱柱。按照固定相分类，主要是聚硅氧烷、聚乙二醇、其他。根据机理分类，主要是WCOT(气-液分配色谱)和PLOT(气-固吸附色谱)。PLOT柱主要用于气体以及挥发性化合物的分析。
此外近些年的文献中，对于其他固定相色谱柱的研发也在不断更新，例如离子液体固定相、金属有机框架固定相、碳纳米管材料固定相、环糊精及其衍生物固定相等，而且新型的固定相亦有部分实现了商品化。实际应用中，目前应用广泛，占比大的固定相为5%苯基95%聚二甲基硅氧烷，既商品化的-5/-5ms型色谱柱。
如何选择固定相呢，一般原则是相似相容原则，即非极性色谱柱保留非极性化合物，极性色谱柱保留极性化合物，实际使用时还需要活用这个原则。实验室多数样品的组成都很复杂，既有非极性化合物，也有极性化合物。那么此时固定相选择的技巧是所选固定相的极性强度必须能避免保留时间过长，还能保证各组分间的良好分离。此时需要对每种固定相的保留能力及分离度了解。因此除了极性以外，还要分析各物质之间的作用力，即电负性、色散力、偶极作用力和氢键作用力。例如在分离苯系物时想要实现二甲苯三种物质的分离，可以选择聚乙二醇固定相的柱子，并非聚二甲基硅氧烷的柱子。
非极性色谱柱分离顺序不同：非极性柱分离顺序主要是根据试液沸点，而气相色谱柱极性柱子分离顺序除了沸点之外还和物质的极性有关系。使用温度比气相色谱柱非极性柱子的使用温度更低，这特性使得气相色谱柱非极性柱子更适合沸点高的物质分析。
